一、高新技術企業認定管理工作指引
（一）認定
1．自我評價。企業應對照《認定辦法》第十條進行自我評價。認為符合條件的在“高新技術企業認定管理工作網”進行注冊登記。
2．注冊登記。企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫《企業注冊登記表》（附1），并通過網絡系統上傳至認定機構。
認定機構應及時完成企業身份確認并將用戶名和密碼告知企業。

3．準備并提交材料。企業根據獲得的用戶名和密碼進入網上認定管理系統，按要求將下列材料提交認定機構：
（1）《高新技術企業認定申請書》（附2）；
（2）企業營業執照副本、稅務登記證書（復印件）；
（3）經具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用（實際年限不足三年的按實際經營年限）、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告；
（4）經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）；
（5）技術創新活動證明材料，包括知識產權證書、獨占許可協議、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告，省級（含計劃單列市）以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料。
4．組織審查與認定
（1）認定機構收到企業申請材料后，按技術領域從專家庫中隨機抽取不少于5名相關專家，并將電子材料（隱去企業身份信息）通過網絡工作系統分發給所選專家。
（2）認定機構收到專家的評價意見和中介機構的專項審計報告后，對申請企業提出認定意見，并確定高新技術企業認定名單。
上述工作應在收到企業申請材料后60個工作日內完成。
5．公示及頒發證書
經認定的高新技術企業，在“高新技術企業認定管理工作網”上公示10個工作日。公示有異議的，由認定機構對有關問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術企業資格；公示無異議的，填寫高新技術企業認定機構審批備案匯總表，報領導小組辦公室備案后，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并由認定機構頒發“高新技術企業證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。
6.高新技術企業資格自頒發證書之日起生效，有效期為三年。

（二）復審
1．高新技術企業資格期滿前三個月內企業應提出復審申請（復審申請書同附2），不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。
2．高新技術企業復審須提交近三個會計年度開展研究開發等技術創新活動的報告，經具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構出具的近三個會計年度企業研究與開發費用、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告。
復審時應對照《認定辦法》第十條進行審查，重點審查第（四）款。對符合條件的企業，按照第十一條（四）款進行公示與備案，并由認定機構重新頒發“高新技術企業證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。
通過復審的高新技術企業資格自頒發“高新技術企業證書”之日起有效期為三年。有效期滿后，企業再次提出認定申請的，按初次申請辦理。
（三）申請享受稅收政策
1.認定（復審）合格的高新技術企業，自認定（復審）當年起可依照《企業所得稅法》及《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（以下稱《實施條例》）、《中華人民共和國稅收征收管理法》（以下稱《稅收征管法》）、《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（以下稱《實施細則》）和《認定辦法》等有關規定，申請享受稅收優惠政策。
2.未取得高新技術企業資格或不符合《企業所得稅法》及其《實施條例》、《稅收征管法》及其《實施細則》，以及《認定辦法》等有關規定條件的企業，不得享受稅收優惠。
（四）復核
對高新技術企業資格及其相關稅收政策落實產生爭議的，凡屬于《認定辦法》第十四條、第十五條情況的企業，按《認定辦法》規定辦理；屬于對是否符合第十條（四）款產生爭議的，應組織復核，即采用企業自認定前三個會計年度（企業實際經營不滿三年的，按實際經營時間）至爭議發生之日的研究開發費用總額與同期銷售收入總額之比是否符合《認定辦法》第十條（四）款規定，判別企業是否應繼續保留高新技術企業資格和享受稅收優惠政策。

二、認定機構
科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組（以下稱“領導小組”），領導小組下設辦公室（設在科技部火炬高技術產業開發中心），負責處理日常工作。
省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政部門、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構（以下稱“認定機構”），認定機構下設辦公室（設在省級、計劃單列市科技行政主管部門），由科技、財政、稅務部門相關人員組成，負責處理日常工作。
領導小組和辦公室及認定機構的主要職責見《認定辦法》。
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